Das Zentrum von Gobelsburg war sicher der Burg- (Schloss)hügel. Bei Grabungen rund um das Schloß und bei Kellererweiterungen kamen immer wieder Spuren vergangener Epochen zutage, die auf einstige Besiedlungen hinweisen.
Funde aus der Steinzeit, Bronzezeit oder Römerzeit sind keine Seltenheit. Aus den Funden geht hervor, dass zur Bronze- und Hallstattzeit das Gebiet besiedelt war. Auch römisch-frühmittelalterliche Besiedlung ist nachgewiesen.
Die erste urkundliche Erwähnung ist uns aus dem Jahre 1074 überliefert, in der ein Urvater der Kuenringer – Azzo de Gobatsburich – in einem Schenkungsvertrag als Zeuge genannt wird.
Schon im 11. Jahrhundert wird die Burganlage erwähnt. Die ersten nachweislichen Besitzer sind Udelricus de Chobatispurc (1137). Es folgen u.a. Albero II., sein Sohn Otto, Truchsessen und rasch wechselnd die Herren von Wallsee, Capellen, Dachsberg, Maissau, Hardegg, Pollheim und schließlich Hohenfeld. Otto A. Hohenfeld baute (1724) die Burg um und errichtete das Schloss in seiner jetzigen Form. Die Mittel reichten nicht zur Vollendung und verkaufte es an das Stift Zwettl (1740). Eine Radierung (1672) von G.M. Vischer lässt uns ahnen, wie die Burg ausgesehen hat.
Die Schreibweise des Ortsnamens in den Urkunden wechselt: de Chobatispurc; de Chobanesburg; Gobanspurg; Goboltspurch usw. Schon 1171 hatte das Stift Zwettl Weingärten am Heiligenstein. Die Gutsverwaltung des Stiftes hatte ihren Sitz in Kammern. Nach einem Brand (1784) bleibt Kammern Ruine und wird die Verwaltung nach Gobelsburg verlegt. Schloss und Gutshof erleben Blütezeiten und Kriegswirren.
Nach der Generalsanierung durch den damaligen Administrator P. Bertrand Baumann, der 1958 die Leitung der Herrschaft Gobelsburg übernommen hatte, kommt die prachtvolle Schlossfassade und der stimmungsvolle Schlosshof zur Geltung. Weiters richtete er das Museum ein, konnte seine Schwestern zur Leitung des Kellerstüberls ermuntern und richtete rund um Gobelsburg den Bildstockwanderweg ein. Neben seinem Schaffen und Wirken um das Schloß war Pater Bertrand auch ein ganz hervorragender Winzer. Es gelang ihm, den Messwein salonfähig zu machen und zu seiner Zeit mit zu den besten Weinproduzenten in Österreich zu gehören. Die Weine aus der Schloßvinothek zeugen heute noch von dieser Größe.
1966 wurde die erste Ausstellung des Volkskundemuseums eröffnet. Die nahegelegene Pfarrkirche „Maria Geburt“ macht einen barocken Eindruck. Sie birgt aber romanische Steinreliefs, Grabplatten u.ä. Gobelsburg war sehr früh ein pfarrliches Zentrum. Schon 1214 bewilligt der Bischof von Passau: „Die, bei der Kapelle zu Gobatsburg angestellten Geistlichen können in den Dörfern Gobelsburg, Haindorf, Zeiselberg und Grafendorf (abgekommene Siedlung) die Hl. Messe lesen, die Toten einsegnen und die Kinder taufen.“